A Igreja Batista Nacional em Cristalina–GO foi emancipada no ano de 2003, porém sua história tem início antes desse marco, quando ainda funcionava como congregação.
Antes da emancipação, a igreja esteve sob a presidência do saudoso Pastor José Moreira, da Igreja Batista Central de Paracatu–MG. Posteriormente, a liderança foi assumida também pelo saudoso Pastor Severino Arcanjo. Ambos serviram a essa comunidade com amor e zelo pastoral, enviando obreiros e oferecendo acompanhamento e assistência constantes às suas necessidades.
Após a emancipação, a igreja foi presidida por mais de vinte anos pelo hoje pastor jubilado Manuel Batista de Souza. Juntamente com sua família, ele dedicou-se ao discipulado da igreja, ensinando a comunidade a amar a Jesus com obediência, compromisso cristão e dedicação à obra missionária. Durante esse período, consolidou-se a identidade da igreja, marcada pelo zelo pelas Escrituras, pela vida de oração e pelo ardor missionário.
Como fruto desse compromisso com missões, a igreja mantém atualmente dois trabalhos missionários fora do Estado de Goiás, no interior do estado da Paraíba: um na comunidade de Vila Nova, em Pedro Velho distrito de Aroeiras-PB, e outro na comunidade Quixaba, situada em um sítio localizado a aproximadamente 20 km de Campina Grande–PB.
Atualmente, a Igreja Batista Nacional em Cristalina é presidida pelo Pastor Fernando Luiz de Melo, que, juntamente com sua família, segue dando continuidade à mesma visão que tem marcado a história da igreja: fidelidade bíblica, vida de oração e compromisso missionário, para a glória de Deus e a expansão do Seu Reino.